船員保険の事業に要する費用には、保険給付費（前期高齢者納付金、後期高齢者支援金の納付費用を含む）、介護納付金・事業費・事務費があります。
これらの事業の財源は、主に保険料によりまかなわれています。また、一部の事業には国庫の負担があります。
保険料は、被保険者である期間の各月について納付していただくことになります。
保険料の額は、被保険者の標準報酬月額及び標準賞与額に保険料率（一般保険料率＋介護保険料率）をかけた額となります。
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保険料は、船舶所有者と被保険者とで負担します。
なお、疾病任意継続被保険者の保険料は、全額本人負担です。
船舶所有者は、船舶所有者負担分と被保険者負担分をあわせた保険料を保険者に納付する義務があります。
この場合、被保険者の負担する分については、船舶所有者は被保険者に支払う賃金から前月分の保険料を控除することができます。
被保険者の負担する保険料を賃金から控除したときは、それを被保険者に知らせなければなりません。
毎月の保険料の納付期限は、翌月の末日です。
保険料の納付は、船員保険の場合、年金事務所から送付される納入告知書により、銀行や郵便局で納めます。
保険料を納付期限までに納めないと、期限を指定した督促状が送られてきます。
その督促状がきても納めないと、延滞金が課され、また財産差押えなどの滞納処分を受けることにもなります。
なお、疾病任意継続被保険者の保険料の納付期限は、初めて納付する場合は保険者の指定する日（納付期日までに納められないときは、正当な理由がない限り被保険者資格が取り消しとなります。）とされ、それ以降の月分は、その月の10日（納付期日までに納められないときは、納付期日の翌日で資格喪失となります。）となっています。
資格を取得した日の属する月の翌月分から9月分または3月分まで、半年分（4月分から9月分まで、10月分から翌年3月分まで）、1年分（4月分から翌年3月分まで）を前納することもできます。
育児・介護休業法による満3歳未満の子を養育するための育児休業等期間について、船員保険・厚生年金保険の保険料は、被保険者が育児休業の期間中に船舶所有者が年金事務所に申し出ることにより被保険者・船舶所有者の両方の負担につき免除されます。
なお、保険料を徴収されない期間についても、船員保険・厚生年金保険の被保険者の資格に変更はなく、育児休業等取得直前の標準報酬月額が保険給付に用いられます。
育児休業等期間中の保険料免除を受けようとする船舶所有者は、年金事務所に「船員保険・厚生年金保険育児休業等取得者申出書」を提出します。
免除となるのは、その育児休業等を開始した日の属する月から、その育児休業等が終了する日の翌日が属する月の前月までの期間です。
なお、休業終了予定日前に当該育児休業等を終了した場合は、「船員保険・厚生年金保険育児休業等取得者終了届」を提出します。
